Bidang Falak telah beliau perdalami lagi semasa belajar di Universiti Al-Azhar, Mesir selama 4 tahun (1314-1318 H. bersamaan 1893-1897 M.). Semasa di situ beliau menerima pengaruh daripada pemikiran Sayid Jamaluddin Al-Afghani dan Sheikh Muhammad Abduh, tokoh Gerakan Islah (Pembersihan) dan Reformasi Islam yang berjuang untuk membersihkan Islam daripada fahaman yang bercampur-baur adat-resam kuno, dan mengembalikan Islam ke landasan al-Qur'an dan Hadith yang suci. Lantaran kegiatan Sheikh Muhammad Tahir yang berkait dengan pemikiran Reformasi inilah, beliau dikenali juga sebagai ahli'Kaum Muda'atau golongan ulamak Reformis di kalangan masyarakat Melayu-Nusantara.

Semasa di Mesir beliau mula berdampingan dengan tokoh-tokoh perjuangan Islam -seperti Sheikh Muhammad Rashid Ridha -- yang bergiat dalam penulisan rencana-rencana melalui akhbar yang berunsur Islam, seperti Al-Manar. Sheikh Muhammad Tahir pernah juga menyumbangkan rencana-rencana ilmiah dalam akhbar tersebut. Pendekatan seperti ini telah beliau terapkan sekembalinya ke Tanah Melayu, dengan membuat banyak sumbangan kepada majalah-majalah Al-lmam dan Al-lkhwan (di bawah kelolaan Syed Sheikh Syed Ahmad Al-Hadi dan lain-lain rakannya, dan akhbar -Saudara.

Dalam zaman mudanya, Sheikh Tahir kerap berulang-alik ke Makkah dan Mesir, sama ada untuk membawa jemaah haji dari Sumatra ataupun untuk membuat perniagaan secara sampingan. Perkahwinan Sheikh Muhammad Tahir semasa zaman mudanya di Sumatra tidak kekal. Beliau bernikah dan bercerai sebanyak 5 kali semasa itu, di atas persetujuan pihak-pihak isteri berkenaan, kerana adat Minangkabau waktu itu sangat mendorong para wanita dan keluarga mereka untuk memperolehi zuriat daripada 'alim ulamak. Walau bagaimanapun, sistem Adat Perpatih yang kuat itulah juga di antara sebab-sebab Sheikh Tahir berpindah keluar dari daerah Minangkabau dan merantau ke Tanah Melayu mulai tahun 1317H/ 1899M.